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スクイーズアウトは上場廃止後の金銭交付となりますので、非上場株式の譲渡の取扱いとなります。個人株主の場合、譲渡益は税率20.315％（所得税15.315％、住民税５％）の申告分離課税の対象となりますが、非上場株式の譲渡であるため、上場株式等・公社債等の譲渡損益や利子・配当等との損益通算を行うことはできず、翌年以降３年間の譲渡損失の繰越控除も認められていません。また、特定口座やNISA口座で株式を保有している場合でも上場廃止に伴って当該口座から払い出されるため、特定口座やNISA口座内での譲渡とはなりません。したがって、スクイーズアウト手続きにより交付された金銭の額と取得価額との差額が譲渡益となる場合には、原則として確定申告が必要になります。